2000年，我国加入世界贸易组织(WTO)，东南沿海很快成为“世界工厂”。2002年，中共“十六大”进一步提出全面建成小康社会目标，国民经济也进入快速发展时期。2008年，北京举办第29届夏季奥林匹克运动会。我国很快成为世界第二大经济体和第一大贸易国，社会发展也进入变农业国家为工业化、城镇化、信息化和农业现代化的社会转型阶段。内地劳动力和自然资源加快向沿海地区流动，大城市的人口和经济、社会活动过度集聚，给沿海地区城市的运行造成了巨大的压力，拓展新的城市发展空间成为紧迫需求。
一些城市采取了建设“新区”或“新城”的方法，一些城市采取引导郊区集中发展的方式缓解老城区人口增长的压力，实现城市结构的优化，因此逐渐形成了经济高速持续增长对内过分依赖于房地产开发、对外过分依赖出口的局面。而同在2008年，源自美国的次级房屋信贷危机导致投资者对按揭证券价值失去信心，引发的流动性危机开始失控，并导致多个大型金融机构倒闭或被政府接管。随后衍生出欧元区如希腊债务危机，极大地挫伤欧美国家居民购买能力，从而对我国外向型经济体系形成了巨大的冲击，拉动内需、寻找新的增长点和增长区成为非常急迫的问题。在国内外问题和矛盾复杂多变的情况下，过去的“类”空间规划虽然竭尽所能地发挥各自对生产要素和空间协调的作用，终因体制、机制和部门利益等原因收效甚微，由于我国持续高速的经济增长衍生的一系列“资源—环境—生态”问题日益凸显，转型发展和可持续发展的资源与环境压力日益加剧，盲目投资和低水平总量扩张与社会事业发展滞后的矛盾日益尖锐，区域和空间协调发展面临日益严峻的挑战。
1、“三规”趋同
(1)国民经济和社会发展规划
为了应对新的国际国内经济形势和挑战，实现由中等收入国家转变为发达国家，避免落入中等国家陷阱的目标，规划体制改革被提上议事日程。时任国家发展和改革委员会（以下简称国家发改委）规划司司长杨伟民认识到，政府在制定规划的时候不仅要考虑产业，还要考虑空间、人口、资源和环境的协调，带领研究团队通过调研和试点后起草了关于规划体制改革的意见（杨伟民，2003）。2003年，国家发改委委托中国工程院研究相关课题，提出增强规划指导、确定主体功能的思路。后来，中共中央关于“十一五”规划的建议明确提出了主体功能区的概念，并最终列入国家“十一五”规划纲要（马凯，2003）。“十一五”规划纲要重视区域问题，进行主体功能区规划，划定优化开发、重点开发、限制开发、禁止开发地区；结合世界金融危机对国民经济的影响，提出转变经济发展方式，将重点转向内需、城镇化、节能减排、包容性增长等；强调以人为本，坚持科学发展观，按照统筹城乡发展、统筹区域发展、统筹经济社会发展、统筹人和自然和谐发展、统筹国内发展和对外开放的要求，更大程度地发挥市场在资源配置中的基础性作用，为全面建成小康社会提供强有力的体制保障，并试点经济、建设和土地“三位一体”的空间规划（杨伟民，2010）。
(2)城市总体规划
经济全球化、市场原则主导的快速发展，给大城市发展注入了活力，刺激了大城市的旧城重建、近郊蔓延和“新城开发热”作为制造“增长的机器”的工具，城市总体规划的“建设蓝图”角色被“发展蓝图”进一步引导为城市发展的“公共政策工具”，2006年开始施行的《城市规划编制办法》提出，“城市规划是政府调控城市空间资源的重要公共政策之一”。为了满足城市快速发展和大产业园区发展以及为项目配套基础设施和社会设施，寻找新的发展空间，城市规划编制不再是为了建设城市，而是为了“营销城市”的土地，在城市规划相关法律法规的基础上形成“寻租”空间，甚至城市总体规划成为“政策型”规划（李晓江等，2011）。巨大市场力和经济全球化对城市发展的冲击前所未有，也导致没有充分考虑这些因素编制的城市总体规划的失效。
(3)土地利用总体规划
由于1997年第二轮土地利用总体规划修编过分强调对农用地，特别是耕地和基本农田的保护，以“严格限制农用地转为建设用地，控制建设用地总量”“确保耕地总量不减少”为目标，对国民经济发展必须的建设用地的保障不够，对生态环境变化的影响和需求的研究不多，使得规划在实际操作过程中缺乏科学性、合理性和可行性，规划目标和用地指标一再被突破，并没有真正发挥土地规划的“龙头”作用。2006年第三轮土地利用规划修编，树立“全局、弹性和动态”的理性发展观念，从经济、生态、社会三方面构建节约集约用地评价指标体系，对特定区域的土地利用情况进行时空分析及潜力分析，为规划中的各项控制指标分解以及建设用地的空间布局分配提供依据（肖兴山、史晓媛，2004）。这样，土地利用规划也走向了基于土地资源利用的区域综合规划之路，使原来土地利用的单一要素规划向满足经济、社会与资源环境相互协调发展的多目标转变，规划内容也更加综合，包括确定土地利用方向、调整土地利用结构和布局、确定各业用地指标、划定土地利用分区和确定各用地区域的土地用途管制规则等（王勇，2009）。土地利用管理的主要策略转向“管住总量、控制增量、盘活存量”。
2、环境保护规划初创
在“发展是硬道理”旗号下，环境保护规划长期落后且让位于“发展规划”。直到2002年，分散的乡镇企业严重污染了区域的水、大气和土壤，环境保护部和建设部才联合出台《小城镇环境规划编制导则（试行）》，结合小城镇总体规划和其他专项规划，划分不同类型的功能区，提出相应的环境保护要求，特别注重对规划区内饮用水源地功能区和自然保护小区、自然保护点的保护，尤其严格控制城镇上风向和饮用水源地等敏感区有污染项目（顾朝林，2015）。后来的环境保护规划，也都是在进行环境功能区划分，局限在污染了的水、土壤、大气、噪声、固体废物的环境综合整治方面，主动的生态环境保护规划并没有开展起来。
3、城镇体系规划失效
这一时期，发端于城市规划，繁荣于发挥中心城市作用需求的城镇体系规划，慢慢变成了弱势，越来越发不出声音。在市域层面，市域城镇体系已经融入相应的城市总体规划中，臃肿的内容成为规划文本和说明书多余、不可操作的代名词。在县层面，县城规划扩展为县域总体规划，县域城镇体系规划也变成县城总体规划中区域分析的内容；在一些城镇化快速发展省区，小城镇发展获得关注，主管村镇的建设系统开始编制自封闭性质的县域村镇体系规划，分散了县域城镇体系规划作为县主体的空间规划的事权和权威性。事实上，由于住建部门事权的限制，县层面县域总体规划（除县城规划外）、县域城镇体系规划或县域村镇体系规划等大多成为有规划不实施的“墙上挂挂”规划。在省域层面，主管部门利用先发的法规优势推动省域城镇体系规划编制，但由于城镇体系规划的传统理念和方法不能适应市场经济体制的需求，存在明显的计划经济体制痕迹，即：先编出省域城镇体系规划，从上一个层次规定城市的等级规模结构、功能定位和职能结构、用地空间结构和发展方向，然后指导下层次各城市的总体规划。在后来城市土地财政普遍形成的情形下，所有的城市都希望通过城市总体规划扩大建设用地范围和数量，城镇体系规划的总量控制和城市总体规划的数量扩张，不可避免地产生出无法调和的矛盾，最终编制的省域城镇体系规划也大多成为一纸空文，无人实施。在这样的尴尬情形下，有的省区进一步推动省区城镇体系规划编制内容改革，从原来的“三个结构一个网络”改为区域空间结构、城镇空间结构、生态空间结构和交通空间结构“四个结构”（张泉、刘剑，2014），“城镇体系规划”逐步演化为“迷你版”的省区空间规划。然而，由于区域空间、城镇空间的土地、生态空间和交通空间的事权分散在发改、住建、国土、环保、林业、交通等政府职能部门，这样的以城镇体系为主体、内容庞杂的区域规划，由于实施主体的事权不掌握、不明确或缺失，规划的科学性、操作性和实用性难以保障。在全国层面，2005年建设部编制完成的《全国城镇体系规划（2006-2020年）》于2007年上报国务院，因为全国城镇体系规划的实施主体不明确，最终未获批准。
这一时期，一方面，在社会主义市场经济体制下，这些“类”空间规划在国际层面诚然促进了国家经济、重要城市与全球经济和全球城市体系的连接，为东南沿海世界工厂发展提供了强大的物质空间支撑；在国内层面，规划对实现国家战略目标，弥补市场失灵，有效配置公共资源，促进协调发展和可持续发展等发挥了巨大的作用；中国经济进入15年黄金增长期，GDP年增长率10%以上，实现从国际收支基本平衡到巨大外汇盈余。另一方面，由于空间规划的政府事权划分不清，国民经济和社会发展规划、城市总体规划、土地利用总体规划乃至环境保护规划都在面对城市与区域的可持续发展问题，都将“空间协调发展和治理”列为各自的规划目标，更加注重空间目标、更加突出和强调公共政策等，规划理论、编制方法和实施途径趋同，关于空间规划编制事权的争夺也越演越烈（王磊、沈建法，2014）。从现状国家颁布的法律法规看，真正具有法律地位的区域（空间）规划是城镇体系规划，它是事实上的“一级政府、一级事权、一本规划”，尽管生产要素和空间协调对这样的城镇体系规划实施显得非常紧迫，但由于规划内容除了涉及城市建设的部分外大部分均超越了住建系统自身事权的管辖范围，规划实施因缺乏政府管理权限变得遥遥无期。